Difference between revisions of "MEG:pretraitement IRM"
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| + | Dans tous les cas ce traitement comportera un recalage de l'IRM dans le repère patient. | ||
| + | Il pourra comprendre une étape de segmentation pour obtenir la surface de l'intérieur du crâne qui est la plus importante pour la construction d'un modèle de milieu (celui où circulent les courants extracellulaires les plus importants, les courants dans le crâne et le scalp étant négligés. | ||
| + | Enfin le traitement comprend généralement la construction d'un modèle de source, ou encore matrice de gain, qui permet de connaitre la contribution de chacun des générateurs positionnées dans le cerveau (dipôles de source équivalents) et chacun des capteurs. | ||
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| + | ''Traitement de l'IRM avec [http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/ Brainstorm]'' | ||
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| + | Brainstorm utilise principalement des modèles de sources distribuées le long du manteau cortical. Ceci nécessite donc (lorsque l'on travaille avec l'IRM du sujet) une segmentation fine de l'interface blanc/gris et un maillage de cette surface. Ceci n'est pas assuré par Brainstorm mais par un logiciel tiers. C'est par exemple le cas de [http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/ freesurfer] ou de [http://brainvisa.info/web/index.html brainvisa]. Brainstorm possède un interface pour le recalage du modèle de tête dans le repère patient et assure la mise en forme du modèle (par exemple une décimation des maillages vers une définition raisonnable). On trouvera la procédure à suivre dans le [http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Tutorials/ImportAnatomy tutorial suivant]. | ||
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| + | ''Traitement de l'IRM avec [http://www.fieldtriptoolbox.org/ fieldtrip]'' | ||
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| + | La préparation des IRM pour fieldtrip est un peu plus délicate. Cependant fieldtrip travaille volontiers avec des modèles volumiques (une grille de points disposés régulièrement ou non dans l'espace cérébral sans lien direct avec l'interface blanc/gris). Fieldtrip générant cette grille directement, l'utilisation d'un logiciel tiers n'est pas nécessaire. Le recalage et la segmentation (pour la surface interne du crâne) est réalisée dans fieldtrip. On trouvera un exemple dans le [http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_meg tutorial suivant]. | ||
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| + | ''Préparer une IRM pour fieldtrip avec PreparModel'' | ||
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| + | La lecture des IRM d'origine différente et leur préparation dans fieldtrip n'étant pas toujours exempte de "surprises" nous avons développé une interface permettant de préparer une IRM au format DICOM ou NIFTI. Cette interface peut être lancée indépendamment ou depuis Anywave. Cet interface fera l'objet d'un article. Elle est déjà disponible sur demande. | ||
Latest revision as of 19:00, 7 February 2017
Prétraitement des IRM
La localisation des sources nécessite un traitement des IRM dont l'objectif est la création d'un modèle de milieu.
Dans tous les cas ce traitement comportera un recalage de l'IRM dans le repère patient. Il pourra comprendre une étape de segmentation pour obtenir la surface de l'intérieur du crâne qui est la plus importante pour la construction d'un modèle de milieu (celui où circulent les courants extracellulaires les plus importants, les courants dans le crâne et le scalp étant négligés. Enfin le traitement comprend généralement la construction d'un modèle de source, ou encore matrice de gain, qui permet de connaitre la contribution de chacun des générateurs positionnées dans le cerveau (dipôles de source équivalents) et chacun des capteurs.
Traitement de l'IRM avec Brainstorm
Brainstorm utilise principalement des modèles de sources distribuées le long du manteau cortical. Ceci nécessite donc (lorsque l'on travaille avec l'IRM du sujet) une segmentation fine de l'interface blanc/gris et un maillage de cette surface. Ceci n'est pas assuré par Brainstorm mais par un logiciel tiers. C'est par exemple le cas de freesurfer ou de brainvisa. Brainstorm possède un interface pour le recalage du modèle de tête dans le repère patient et assure la mise en forme du modèle (par exemple une décimation des maillages vers une définition raisonnable). On trouvera la procédure à suivre dans le tutorial suivant.
Traitement de l'IRM avec fieldtrip
La préparation des IRM pour fieldtrip est un peu plus délicate. Cependant fieldtrip travaille volontiers avec des modèles volumiques (une grille de points disposés régulièrement ou non dans l'espace cérébral sans lien direct avec l'interface blanc/gris). Fieldtrip générant cette grille directement, l'utilisation d'un logiciel tiers n'est pas nécessaire. Le recalage et la segmentation (pour la surface interne du crâne) est réalisée dans fieldtrip. On trouvera un exemple dans le tutorial suivant.
Préparer une IRM pour fieldtrip avec PreparModel
La lecture des IRM d'origine différente et leur préparation dans fieldtrip n'étant pas toujours exempte de "surprises" nous avons développé une interface permettant de préparer une IRM au format DICOM ou NIFTI. Cette interface peut être lancée indépendamment ou depuis Anywave. Cet interface fera l'objet d'un article. Elle est déjà disponible sur demande.
